Η ερευνητική δραστηριότητα στο Τμήμα Περιβάλλοντος πραγματοποιείται στα κάτωθι επτά εργαστήρια, τρία εκ των οποίων είναι θεσμοθετημένα:
- Εργαστήριο Χημικής Τεχνολογίας Επιστήμης και Μηχανικής Συμπεριφοράς των Υλικών (Chemical and Construction Materials Technology Laboratory) [ΦΕΚ ίδρυσης: 2630 τ.Γ΄/24-06-2020]
- Εργαστήριο Ελέγχου Ποιότητας Ύδατος και Περιβάλλοντος (Water and Environmental Quality Laboratory – W.E.QU.L) [ΦΕΚ ίδρυσης 3892 τ.Β΄/14-09-2020]
- Εργαστήριο Περιβαλλοντικής Μικροβιολογίας και Ιολογίας (ΑΔΑ ίδρυσης: 6ΝΠΨ469Β7Ξ-Φ3Μ)
- Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας
- Εργαστήριο Ρευστομηχανικής & Περιβαλλοντικής Τεχνικής
- Εργαστήριο Φυσικής Περιβάλλοντος
- Εργαστήριο Γεωπληροφορικής