Η ερευνητική δραστηριότητα στο Τμήμα Περιβάλλοντος πραγματοποιείται σε δέκα (10) εργαστήρια, δύο (2) εκ των οποίων έχουν θεσμοθετηθεί.
- Εργαστήριο Χημικής Τεχνολογίας Επιστήμης και Μηχανικής Συμπεριφοράς των Υλικών (Chemical and Construction Materials Technology Laboratory) [ΦΕΚ ίδρυσης: 2630 τ.Γ΄/24-06-2020]
- Εργαστήριο Ελέγχου Ποιότητας Ύδατος και Περιβάλλοντος (Water and Environmental Quality Laboratory – W.E.QU.L) [ΦΕΚ ίδρυσης 3892 τ.Β΄/14-09-2020]
- Εργαστήριο Βιοτεχνολογίας
- Εργαστήριο Βιολογίας
- Εργαστήριο Ρευστομηχανικής & Περιβαλλοντικής Τεχνικής
- Εργαστήριο Περιβαλλοντικής Μικροβιολογίας και Ιολογίας
- Εργαστήριο Φυσικής Περιβάλλοντος
- Εργαστήριο Γεωπεριβαλλοντικής Τεχνολογίας & Διαχείρισης Εδαφών
- Εργαστήριο Γεωπληροφορικής
- Εργαστήριο Πολυμέσων
